Übertragen wird Ebola durch direkten körperlichen Kontakt zu Infizierten oder Verstorbenen, insbesondere durch Blut, Speichel, Schweiß, Urin oder andere Körperflüssigkeiten. Eine Übertragung durch die Luft, genannt Aerosolübertragung, findet beim Ebolavirus nicht statt. Erst mit dem Auftreten der ersten Symptome gilt ein infizierter Mensch als ansteckend. Je stärker die Symptome im Krankheitsverlauf auftreten, desto höher ist auch die Ansteckungsgefahr.
Auch durch den Kontakt mit Tieren kann eine Übertragung erfolgen. Vor allem Affen, Fledermäuse, Antilopen und Stachelschweine gehören zu den Tierarten, bei denen Übertragungen auf den Menschen bekannt sind. Es wird angenommen, dass das Virus durch den Kontakt und Verzehr erkrankter Tiere in die menschliche Bevölkerung eingeführt wurde. Nach bisherigem Wissenstand ist dieser Übertragungsweg häufig der Auslöser von Epidemien.
Für medizinische Mitarbeitende, Ärztinnen und Ärzte sowie Angehörige, die infizierte Personen behandeln und pflegen, besteht eine besonders hohe Ansteckungsgefahr, wenn die notwendigen Vorsichtsmaßnahmen nicht eingehalten werden. Patienten und Patientinnen sollten deswegen streng isoliert und direkter körperlicher Kontakt zu ihnen vermieden werden. Das Gleiche gilt für Gegenstände wie Kleidung oder Bettwäsche, die möglicherweise mit den Körperflüssigkeiten der Infizierten in Kontakt gekommen sind. Auch bei Bestattungen ohne die empfohlenen Hygienemaßnahmen kann es durch den Kontakt mit dem Körper der Verstorbenen zu einer Übertragung des Virus kommen.